判斷出一項支出的進項稅可以抵扣后，接下來就需要進行勾選確認、計算稅額、納稅申報等抵扣實操。
1、增值稅專用發票
銷售方取得的增值稅專用發票上注明的增值稅額，允許從銷項稅額中抵扣。
2、機動車銷售統一發票
從銷售方取得的稅控機動車銷售統一發票上注明的增值稅額，準予從銷項稅額中抵扣。
自2020年7月1日起，機動車銷售啟用新版增值稅專用發票：
相比傳統的增值稅專用發票，機動車發票中的增值稅專用發票開具時會自動打印“機動車”標識。
注意：銷售機動車開具藍字發票后，該車輛的車輛電子信息將自動流轉并歸屬受票方，因此銷售方對同一輛車不能同時開具多張藍字發票。
3、海關進口增值稅專用繳款書
從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額，準予從銷項稅額中抵扣。
4、代扣代繳稅收完稅憑證
從境外單位或者個人購進服務、無形資產或者不動產，自稅務機關或者扣繳義務人取得的解繳稅款的完稅憑證上注明的增值稅額。
5、通行費發票
以下兩種通行費發票可以抵扣：
（1）收費公路通行費增值稅電子普通發票；
指的是征稅發票，左上角顯示“通行費”字樣，且稅率欄次顯示適用稅率或征收率。
注意：如果左上角無“通行費”字樣，且稅率欄次顯示不征稅，則此類通行費發票不允許抵扣。
（2）橋、閘通行費發票
6、國內旅客運輸的普通發票
7、農產品收購發票或銷售發票
（1）農產品收購發票
農產品收購發票是指收購單位向農業生產者個人（不包括從事農產品收購的個體經營者）收購自產免稅農業產品，由收購方向農業生產者開具的發票。發票左上角會打上“收購”兩個字。
（2）農產品銷售發票
農產品銷售發票是指農業生產者銷售自產農產品適用免征增值稅政策而開具的普通發票。
